Caída de Isabel II y subida al trono de Alfonso XII (1868-1874)

En 1868, la Revolución Gloriosa acabó desbancando el reinado moderado de Isabel II e instaurando el Sexenio Democrático, período en el que se logró establecer, por primera vez, la libertad de cultos mediante la Constitución de 1869. Esto favoreció la penetracion de la opción protestante en algunos puntos de España, siendo Pradejón el principal foco de la provincia, incluso por encima de Logroño. Desde entonces, la villa será conocida como "el pueblo de los protestantes".

Simón Vicente (izquierda), el último pastor protestante, junto a algunos de sus feligreses.

La comunidad protestante de Pradejón nació vinculada a la iglesia de Zaragoza, perteneciente a la Unión Ibero-Evangélica, estructura federal que reunía a todas las iglesias congregacionalistas fundadas en el norte peninsular por la American Board desde inicios de 1872. El primer vecino en convertirse a la nueva doctrina fue el panadero Juliano Moreno Leza que, tras acudir en otoño de 1872 a Zaragoza a cumplir voto ante la Virgen del Pilar, escuchó las predicaciones del pastor gaditano José Eximeno y, a su regreso a Pradejón, decidió continuar con la evangelización de la villa, hasta formar un núcleo protestante estable.

El primer pastor será Agustín Sáenz, quien comprará una casa de tres pisos en la Calle Mayor con fondos de la American Board, destinando el inmueble para alojar la iglesia de la nueva congregación.

Esto tendrá lugar en medio de un complejo contexto político. En 1870, el Sexenio Democrático nombrará rey de España a Amadeo de Saboya, cayendo a los tres años por falta de apoyos e instaurándose así la Primera República Española. La corta y turvulenta República desaparecerá en 1874, suponiendo la Restauración Borbónica en la figura de Alfonso XII, hijo de la destronada Isabel II. Este nuevo reinado se iniciará en Pradejón con una epidemia de sarampión que se llevará a 20 niños entre marzo y abril.